Ligegyldigt, om indgrebet foretages af en professionel eller amatør, er det meget skadeligt. Der er flere måder at omskære en pige på, men en af dem er ved at sy vaginas åbning sammen med tråd. Det er nemt at forestille sig, hvordan dette gør det sværere for kvinden at have sex. Ud over frygten for smerten ved at bryde seglet op, så er omskæring også forbundet med frygt for at blive opdaget, hvis man har sex ”for tidligt”. Dette indgreb sker nemlig ofte for at forhindre, at kvinden har sex før ægteskabet.
Omskæring medfører en lang række komplikationer ud over smerten. Nogle piger oplever hævelser i underlivet, får feber eller infektioner og urinvejsproblemer. I værste tilfælde forbløder pigen og dør.
Nogen oplever længerevarende effekter som smerter, hver gang de urinerer, smertefulde menstruationer, smerte under sex, risiko for svære komplikationer under fødsler (herunder risiko for at miste barnet) samt psykiske lidelser som PTSD.